《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板（小林薰饰）沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子（河井青叶 饰）接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太（池松壮亮饰）爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子（渡边美佐子饰）始终无法走出...

大学教授广川诚司（小田切让）的妻子因病亡故，在葬礼的那天晚上，一位神秘女性拜访他，但完全看不到人之后，广川所在大学的总长也突然去世，新总长的选举引发了一系列的猜忌矛盾，奇怪的事越来越多，甚至周围的垃圾堆裡还发现了尸体。而广川周遭的人也慢慢出现了违和感，暗自积极于总长选举的同僚， 妻子生前同事水岛丽（仲里依纱），恐怖与不安的气氛逐渐蔓延……...